Under senare tid har det varit en debatt om fördelarna, respektive nackdelarna med ekologisk odling. Ekologisk odling ger minskad produktion men mindre giftbelastning och nyttigare mat.
Jordbruksgifter har använts mycket länge och oftast upptäcks de skadliga effekter efter mycket lång tid och därefter kommer en lång strid för att förbjuda eller minska användningen. Välkända exempel är kvicksilverbetning och DDT, ämnen som är långlivade och fortfarande belastar naturen.
Under senare år började man använda en klass av ämnen som kallas neonikotinoider och dessa utgör nu det mest använda insektsgifterna i världen. Efterhand visade det sig att inte bara skadeinsekter dog utan även nyttoinsekter som bin, insekter i mark och vatten. Efterhand vandrar skadeverkningarna uppåt i näringskedjan och drabbar fåglar, fiskar och andra djur som berikar miljön och skyddar mot skadeinsekter.
Till skillnad mot andra insektsgifter är neonikotinoider systemiska, de är lösliga, tas upp av växterna och åstadkommer en fördröjd dödlighet hos insekter efter kronisk exponering för låga doser. De är dock inte speciellt giftiga för ryggradsdjur (som man vet eller antar nu). Det har tagit mer än ett decennium för att klarlägga skadorna på ekosystemet.
Ämnena sprids som korn i jorden när säden sprids eller blandas i säden i nivån 1-17 milligram/kilo. Växterna tar upp 2-20 % av ämnena och sprider dem till alla delar, blad, blommor, pollen och nektar. Inte bara skadeinsekter förgiftas, utan även pollinerande insekter som bin och andra som är väsentliga för jordbruket.
Biodlare i Frankrike noterade kort efter introduktionen av medlen, 1994, att bisamhällena försvagades eller dog och en undersökning visade att neonikotinoiderna var speciellt giftiga för bin där det räckte att bin fick i sig 2,5-5 nanogram för att hälften av djuren skulle dö. De dör emellertid inte genast utan hinner föra hem giftigt pollen och nektar till kupan och påverka drottning och larver. Drottningen dör emellertid inte samma år utan först nästa. Humlor producerar 85 % färre drottningar när de exponeras för de nivåer av medlen som finns i naturen.
Under samma tid som neonikotinoider fick ökad användning har bina drabbats i ökad utsträckning av virussjukdomar av vilka en del sprids av Varroakvalstret. Neonikotinoider försvagar binas immunsystem.
Vattenlösligheten gör att det som inte hamnar i grödan löses ut i yt- och grundvatten. Vattenlevande djur är känsliga och i förlängningen grodor, sländor och andra djur som är knutna till vattenmiljön. Halter så låga som 0,01 nanogram/gram i vattnet leder till ökad dödlighet hos vatteninsekter. I Holland har man associerat nedgång i fågelbeståndet till användningen av neonikotinoider, även om orsaken inte är bevisad.
EU har förbjudit tre av sju av neonikotinoiderna, clothianidin, imidacloprid och thiametoxam, men bara för användning på grödor som är särskilt attraktiva för bin, vilket är helt otillräckligt. Inte heller gäller förbudet en ny variant som snart kommer ut på marknaden. Frankrike förbjöd 2004 användning av neonikotinoider vid odling av majs och solrosor, något som inte inverkar negativt på skördeutfallet.
Odlarna själva verkar ha lite förståelse för naturen, förutom sin egen skörd. I mitten av 2013 skrev Fröoljeväxtodlarna och svensk Raps AB inför ett kommande förbud: ?Detta ställer nu extra krav på dig som odlare! Det som är viktigt för den som planerar att så höstoljeväxter i år, och vill ha insektsbetat frö, är att man måste vara ute med sin beställning i god tid!?